截至29日晚6时，此次事故对外发布的死亡人数为40人。但一些人对此仍心存疑虑。他们认为，事故公布的伤亡人数，特别是尚没出现失踪人数可能与事实不符。
参与组织救援的温州市市长赵一德说，发生事故的两列列车，前一列大约有900多人，后面一列约有500多人。铁道部新闻发言人王勇平证实说，D301次动车上有乘客558人，D3115次动车上有乘客1072人，但没有具体说清发生事故的D301次动车前四节和D3115次动车后两节车厢里到底有多少乘客。
记者在现场发现，发生动车追尾事故的高架桥位于温州郊区，周围都是民宅，进入市区交通便利，如有旅客自行离开，应可以立即得到救助并和家人取得联系。
现场救援人员告诉记者，事故发生当晚，天黑雨大，电闪雷鸣，很少有人自行离开现场。消防官兵赶到后，受伤旅客大多是在大家搀扶下送进救护车的。
对此，铁道部门接受采访时说，在售票实名制的情况下，之所以没有依据这一系统先统计死伤人数，然后再进行现场处理，是因为确定的方案是把救人放在第一位，当时不管是什么方式，先把这些伤员救出来，受伤的直接送医院，没受伤的妥善安置，因此当时没法统计得很清楚，但这些人的身份都是很清楚的。有些所谓失踪者，其实是事故发生后没有受伤的旅客自行离开了。
