简单地说，设置为双拼输入模式，借助“自定义短语”功能进一步完善辅助码和简码输入，并使用账号登录和同步功能实现在所有电脑中畅通使用。
在设置了“自然码”的“双拼”模式后，在【高级】【自定义短语设置】【直接编辑配置文件】中，将附件中的【搜狗自定义短语.txt】内容替换。
使用搜狗账号（也可用QQ和微博账号）登陆后，在【账户】中，使用“上传或下载配置”“同步词库”，也可在不同电脑上使用。
搜狗拼音和QQ拼音能完美支持64位平台，具有词库更新、账号同步功能，这些都是自然码不具备的实用功能。而且和自然码一样都具有整句输入功能。
自然码不是系统自带的（UCDOS除外），那些年我们一起追过自然码时，随身携带的除了钥匙和钱包，就是一张1.44MB的自然码软盘。现在我们继续使用自然码，只需要一个账号就行。感谢强大的互联网搜狗和QQ输入法替代自然码输入法完美解决方案！
上面附件中自定义短语文件与网上流传的不一样，网上流传的可能是软件提取的，存在乱码和瑕疵。这里提供的文件对所有编码和候选位置进行了人工校正（如wj是“万”不是“卍”），并增加了符号和偏旁的编码，应该是当前最全面、最准确的版本了。
替换了附件中的“自定义短语”后，能够完美实现以下功能：
1、可以使用1～2位辅助码输入单字，如lim为“李”，wfdw为“刎”。
2、可以使用自然码的一、二、三级简码，如w、wa、waa分别为“我”“挖”“瓦”。
3、可以直接输入符号，如oi或os为数字符号，ofuu为“℃”。
4、可以直接输入偏旁部首，pp为偏旁，如ppr为“亻”。
5、可以使用o键对不知道读音的难字切形输入，如omuda为“榙”。
这个不是词库是字库，搜狗本身自带了强大的词库，没有必要再做词库了，而且自定义短语文件太大也会影响速度。如果愿意折腾，可自行加入其他个人词语、符号乃至立体词。
搜狗拼音的自定义短语虽然都是*.ini文件，但数据格式不一样，可以借助*.csv逗号分隔符文件格式和Excel2003软件进行互换，也可以借助专门的转换软件转换。
立体词是一个很酷的功能，当年虐待五笔粉丝或动员别人学自然码时，就是输出自造立体词给他看搜狗和QQ输入法替代自然码输入法完美解决方案。
还有其他的一些设置（如用分号和引号选二三字，用方括号翻页，标点符号的输入、特殊符号的输入等），请自行琢磨，这里不一一列举了。而且建议关闭词语联想、固定首位等功能，可以获得更好的输入体验。
截图太麻烦，这里只展示搜狗的效果图。QQ拼音除细胞词库和整句输入外，其实做得更好。我的自定义短语经过了进一步的整理，和上传的附件中编码不完全一致。
1、一级简码单字（一）
2、二级简码单字（眼）
3、三级简码单字（即一位辅助码）（盐）
4、四级简码单字（即二位辅助码）（闫）
5、不知道读音的难字切形输入（秡）
6、符号直接输入（Ⅰ、⑤）
7、偏旁直接输入（丶）
8、双字词语（自由）
9、三字词语（计算机、习近平）
10、四字词语（无以伦比、美不胜收）
11、多字词语（据不完全统计、中华人民共和国）
12、很长的自造词，可以是多行的立体词（收货地址：湖北省宜昌市长江大道110-119号，徐近平收，邮编：443300，联系电话：13987654321）
注：以上8～12项出自我的个人词库，搜狗本身能在一定程度上实现2～4字的超级简拼。
13、整句输入
